Cancelación de valor anticipado del IVA por parte de persona natural que lo declara de forma anual

Una persona natural declara el IVA anualmente; el valor a cancelar por el primer cuatrimestre del 2016 es aproximadamente de $3.000.000, pero en el mismo cuatrimestre el IVA generado es de $1.000.000. ¿Debe igualmente cancelar el valor del anticipo?  

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